そういえば、それとは別に手元の HHK キーボードで問題が発生。 scim のオン/オフができなくなった。
いろいろ調べた結果、どーも xmodmap で Alt_{L,R} と Meta_{L,R} を Mod1 に指定していたのだけど、この記述がまずかったらしい。 1.3.x の頃から、 Alt と Meta を区別するようになったのが原因くさい。
こちらの指定がダメっぽい指定だったのも原因のひとつの気もするんだが、しかしそれにしても scim の挙動が不思議な気はするので、どうなんだろうなーと思っているのだが、どうなんだろうなー。