調べてみて SQLite のバインディングは 2.x 用と 3.x 用の二種類があることがわかった。かなり互換性のないバインディングっぽい。
で、気になるのは ruby-dbi の DBD として用意されている SQLite は 2.x 用のを利用しているため、 SQLite 3.x を使っていると ruby-dbi が利用できないというところ。どうにかならんかな？